Bueno esto va mas del lado de las distros basados en Debian Y CON APACHE 2.2, no se si funcionaran en las otras distribuciones y desde un inicio lo aclaro. Y también cabe aclarar que no sera para los que usen XAMPP , donde todo es be happy y no se tiene que hacer nada, ya que todo va para el lado del desarrollo. Lo primero que haremos es dirigirnos a /etc/apache2/sites-avalible y revisamos que exista un archivo llamado default Luego editamos el archivo (no especificare como, de por si ya se sabe que tienen que estar como root para hacer esto). leafpad /etc/apache2/sites-avalible/default Se nos abrirá un archivo como el siguiente: Ahora comentamos las lineas marcadas y cambiamos el valor de None a All Reiniciamos Apache y listo, ya podremos usar Codeigniter sin el index.php service apache2 restart Y ya con esto podemos trabajar tranquilamente, espero les haya servido de algo, proximamente lo hare pero con apache 2.4 donde se tocan mas archivos