Bueno esto va mas del lado de las distros basados en Debian Y CON APACHE 2.2, no se si funcionaran en las otras distribuciones y desde un inicio lo aclaro. Y también cabe aclarar que no sera para los que usen XAMPP, donde todo es be happy y no se tiene que hacer nada, ya que todo va para el lado del desarrollo.
Lo primero que haremos es dirigirnos a /etc/apache2/sites-avalible y revisamos que exista un archivo llamado default
Luego editamos el archivo (no especificare como, de por si ya se sabe que tienen que estar como root para hacer esto).
Se nos abrirá un archivo como el siguiente:
Ahora comentamos las lineas marcadas y cambiamos el valor de None a All
Reiniciamos Apache y listo, ya podremos usar Codeigniter sin el index.php
Lo primero que haremos es dirigirnos a /etc/apache2/sites-avalible y revisamos que exista un archivo llamado default
Luego editamos el archivo (no especificare como, de por si ya se sabe que tienen que estar como root para hacer esto).
leafpad /etc/apache2/sites-avalible/default
Se nos abrirá un archivo como el siguiente:
service apache2 restartY ya con esto podemos trabajar tranquilamente, espero les haya servido de algo, proximamente lo hare pero con apache 2.4 donde se tocan mas archivos